在明州遇到身分不明的謝滄行和賣藝少女瑕二人爭執，前去圍觀，（列位看官，他若不圍觀時，萬事皆休；只為多了此心，有分教：落了片白茫茫大地真乾淨！）被瑕扔出的石頭失手砸中，皇甫卓贈送的玉也被砸碎。瑕為賠償玉的損失，得知夏侯瑾軒要前往折劍山莊後，提出為其護衛。
夏侯瑾軒、瑕、姜承、謝滄行四人一路同行，姜承卻多次出現異常，所幸並不嚴重。到折劍山莊後，見皇甫卓。眾人得知雪石路有妖害人，前去除妖。夏侯瑾軒被雪女的幻境迷惑，在幻境中見到瑕（假）。為真正的瑕喚醒後，夏侯瑾軒又因一念之仁，險些導致全部喪生於雪女之手。幸而雪女被為眾人遺忘的謝滄行所殺（雪女：你便不給謝媒錢時，也不合恩將仇報。）。
武林大會時，歐陽英大弟子蕭長風與姜承比武時，姜承又出現異常，不由自主地將蕭長風擊成重傷。在場的蜀山鐵筆、凌音兩人看出姜承身有魔氣，而不慎被皇甫一鳴得知。皇甫一鳴打算借題發揮，導致姜承被逐。
夏侯瑾軒一行人遠行散心，於司雲崖上看到了雲來石，好奇的瑕觸摸了器皿，結果雲來石將他們帶往了樓蘭，並遇見龍溟與凌波。在與樓蘭王的戰鬥中，樓蘭王想要附身於暇，卻被瑾軒捨身擋住。樓蘭事件解決後瑾軒得到了暇贈送的以賠作羊脂白玉墜的靈石。
另一方面，蕭長風被枯木殺掉，並且在皇甫一鳴的安排下順利嫁禍給遠在樓蘭的姜承。來到開封皇甫家，皇甫當家皇甫一鳴安排了陷阱準備捕捉姜承，利用姜承達到自己的目的。姜承在暮菖蘭的鼓動下決定逃亡，皇甫卓因為幫助姜承逃亡而被罰跪，卻仍然心系姜承，讓瑾軒去調查姜承被陷害的真相。回到明州的瑾軒被父親責罵了一番，最後二叔告訴其夏侯家族不能插手調查的原因。瑾軒，暇，暮菖蘭三人猜想姜承投靠了厲岩一群山賊，決定去將姜承找回來。但在山賊營寨前被結蘿下毒，三人暈倒，瑾軒醒來時發現已經在山下，然而暇卻一直昏迷不醒。
暮菖蘭獨自來到山賊領帶結蘿回碧溪村為瑕解毒，卻發現了瑕的奇怪的病症。求醫心切的瑾軒請結蘿帶路一起回苗疆尋找她的師傅為瑕治病，另有打算的結蘿答應了瑾軒等人的要求。在青木居中蠱婆告訴瑕自幼患有絕症，要想治好暇的病情只能前往蜀山。正好因為姜承的事也需要前往蜀山，但考慮到姜承的身份將其與厲岩，結蘿留在了青木居。在蜀山在凌波的引見下見到了草谷，草谷看出是魔氣困擾，讓凌波帶瑾軒等人去仙竹林取仙藥材。
在仙竹林遇到了許久不見的謝滄行，在仙竹林取得藥之後，菖蘭想多取幾份藥材激怒了看守的仙靈，一番苦戰後打敗仙靈，憤怒的仙靈想收回本來賜給了瑕的仙藥，但看在謝滄行的面子上，只是趕走了眾人。
然而，仙藥並不能治好瑕的病，在蜀山的御風台上，瑾軒找到了失落的瑕，並且用古代非常大膽的言語讓彼此的隔閡減小了許多，最後，瑕終於從失落中走出來，重新燃起了要活下去的信念，和瑾軒一起。
約好一起看星星的瑾軒和瑕，還有不知為何出現在御風台的菖蘭發現璇光殿有入侵者。凌波沒有阻止龍溟進入璇光殿，反而帶著瑾軒一行人一起進入了幻境。不得不與盜取神農鼎的龍溟聯手。龍溟被三神之力重創，凌波幫龍溟破除封印之時也受到了神力的反噬。破除道家的結界後龍溟帶著神農鼎與凌波離開。瑾軒一行人前往神降秘境追尋龍溟，卻只看到了身死的龍溟與神農鼎，而凌波下落不明。追回神農鼎後姜承執意要回千峰嶺，瑾軒無奈之下先行回到蜀山並希望蜀山出面解釋姜承的身世。可蜀山表示不方便出面，瑾軒痛責未果後只得離去。
瑾軒等人在碧溪村為山賊們購買了物資，來到山寨卻發現山寨已經被人類血洗，而剩下的半魔均被皇甫弟子捉至折劍山莊作為誘餌。即使瑾軒救半魔獻計，眾人來到折劍山莊參與武林公審時，瑾軒的計卻無法救出山寨兄弟，只保全了姜承、厲岩和結蘿三人，也無奈地看著姜承變成姜世離。瑾軒一行人陪同姜世離找到蚩尤塚，解開了身上的所有謎，在看到覆天頂魔族的悲慘生活後姜世離決定接受魔君的稱號，為人間的魔族創建一片樂土。瑾軒與姜世離最後一次以好兄弟的名義大打一架後離開覆天頂。
離開覆天頂後，瑾軒三人決定陪同暮菖蘭回故鄉看看，在碧溪村購買物資時路遇謝滄行，眾人一同前往暮菖蘭故鄉暮靄村，在暮靄村眾人發現此地異常，並揭開了村子的秘密，暮菖蘭也將自己受人僱傭之事向瑾軒坦白。隨後眾人前往蜀山向草谷道長求醫，草谷了解真正的病因後告知瑾軒，需去海外仙境尋找一種叫「誓緣枝」的仙藥。眾人回到明州，經過一番勸說，夏侯彰允許瑾軒出海，在明州的棧橋上，瑾軒和瑕表明心跡。找到誓緣枝回到中原，卻發現時間已過五年，從皇甫卓口中得知姜世離建立淨天教，與天下人為敵之事。
一行人回到蜀山，得知謝滄行乃蜀山長老，眾人大驚，草谷順利煉製解藥，治好了瑕與村民的怪疾，但此時姜世離親自攻打蜀山，意圖打開神魔之井封印，瑾軒等人趕往鎖妖塔支援，但終究晚了一步，謝滄行已經兵解犧牲。瑾軒目睹昔日摯友的所作所為，與姜世離決裂。返回蜀山山門後，又得知二叔被淨天教殺死，瑾軒悲痛不已。
瑾軒回到明州，向父親稟明二叔之死，並表示要為二叔報仇，但夏侯彰將其打昏，並親率夏侯弟子往覆天頂復仇。瑾軒醒來後忙和瑕、蘭二人趕往絕行天途，卻在覆天頂發現父親被自己的二叔殺死，瑾軒才醒悟過來，原來二叔便是枯木，是一切事件的幕後黑手。在與枯木的戰鬥中，瑕為救瑾軒被枯木殺死，但枯木的肉體也被摧毀，瑾軒帶著瑕的屍身前往司雲崖欲安葬，不料枯木卻趁機附身於瑕並重傷暮菖蘭。瑾軒獨自前往山頂，和枯木對話後了解到枯木入侵人界的野心，為了人間的安寧，瑾軒不得已用瑕留下的劍刺向了懸浮在空中的瑕，瑕的魂魄最終甦醒過來，用自己最後的力氣將瑾軒推開致使他不落入懸崖，掉下了山崖。瑾軒見狀亦跳下山崖，崖頂只留下一支破碎的毛筆…
（以上劇情來自於《仙劍奇俠傳五前傳》）
活下來的夏侯瑾軒和瑕，收了顧寒江為徒弟。之後，夏侯瑾軒將雲來石傳給顧寒江，與瑕離開；二人去向成謎。在仙六中可以在雲來石上找到瑾軒和瑕的塗鴉。
瑾軒和瑕.jpg
（從瑕的頭髮來看，二人當時已經成親了。）
（以上劇情來自於《仙劍奇俠傳六》）